鸡的肠道菌群建立从出壳就开始了，当雏鸡进入养殖场，肠道菌群从环境、饲料和孵化员(雏鸡孵化后接触雏鸡的人)身上获得。因此环境、饲料和孵化员中的每一个，都会影响蛋鸡肠道微生物群的发展。肠道微生物群需要3-4周才能完全发育，因此育雏期间优质的饲料和洁净的水质将确保肠道的稳定性更快。
肠道微生物群的细菌群落形成了一道保护肠道的屏障，阻止致病的细菌生长，如沙门氏菌、弯曲杆菌和产气荚膜梭菌。当肠道菌群失衡的失衡，免疫组织发育不良，鸡群更容易生病。
肠道微生物群可能出现失衡或过度生长，进而影响鸡群的健康和性能。
影响鸡的肠道菌群因素常见的有7大方面。
1、饲料
所谓病从口入，影响鸡的肠道菌群最大因素就是饲料。饲料原料质量、营养物质密度和饲料形态都会影响肠道微生物群的平衡。
2、水质
水质和水线管理对鸡群的长期肠道健康和生产性能至关重要，现在的地下水污染，大肠杆菌超标等都会导致肠道菌群失衡。现在很多养殖厂都注意到了这块问题，开始安装净水系统，同时，定期清理水线，来降低鸡群肠道问题的发生。
3、育雏条件
在第一周，肠道会迅速成熟，因此提供最佳的孵化条件对于确保肠道组织、免疫系统和微生物群的最佳发育至关重要。同时尽早获得水和料至关重要。雏鸡刚来，没有能及时的摄入食物和水，就会被淘汰。
4、生物安全
如果鸡舍冲洗和消毒程序不当，以及随后的养殖场生物安全措施不合理，鸡群可能会接触到可能对肠道健康和发育产生负面影响的病原体。
5、高风险期
在蛋鸡生产过程中，鸡群有时会面临风险，例如在更换饲料或接种疫苗期间。在这些时期，肠道微生物群可能会波动，在某些情况下，如果管理不善，可能会发生菌群失调。这种情况非常普遍，在更改饲料的时候，很容易出现鸡过料，拉稀等外在表现。
6、环境条件
温度和通风。达到最佳环境条件将促进肠道健康。寒潮来袭，气温越来越低，极为容易导致鸡群冷应激。面对寒冷，增强免疫力也很重要，众联发酵辣椒粕不但能调节蛋鸡肠道菌群平衡，还能增强蛋鸡免疫，提升蛋鸡御寒能力，助力鸡群高产稳产!
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